"in genere in un progetto php, le entità (file, directory, symlink...) che iniziano col punto, vengono considerati file locali "

Considerati da chi?

Se usi git, devi usare .gitignore per ignorare i file che non vuoi distribuire. Inoltre, ci sono casi come i file .env che non dovresti caricare in un repository git ma comunque devi distrbuirli in produzione.
Cosa intendi per caricare?
Cosa intendi per distribuire?