Il csv con cosa lo apri per leggerlo? Se usi Excel o simili è probabile che cerchi di associare automaticamente un formato ai campi, ad esempio trovandosi 00085 lo formatta per un campo numerico, se invece riceve #00085 capisce che è una stringa e la lascia così.
In questo caso il problema non è PHP, ma Excel o chi per lui.

Prova ad aprire il file csv generato usando un editor semplice di testo senza passare prima da un foglio di calcolo che potrebbe modificare il contenuto e vedi se è corretto.