ma come faccio ad indicare la cartella dove sono i file?
Tra i campi a sinistra, trovi la voce "Nella cartella". Fai click sul relativo pulsante ">" a destra di quel campo e quindi "Sfoglia" per scegliere la cartella.

Poi i file .json sono all'interno di archivi .gz che faccio? Prima li estraggo o EmEditor ce la fa da solo?
Di preciso non so dirti su questo punto. Da quel che ho provato bisogna avere una cartella normale non compressa. Penso quindi che tu debba estrarre i file prima dell'operazione.

Poi posso fare che non mi modifichi il file ma me ne crei uno ex novo?
Non esattamente ma puoi impostare "Salva copie di sicurezza", tra le opzioni di quel pannello. Dovrai specificare quindi una cartella dove saranno salvati i file di backup, per cui potrai avere sempre una copia dei file originali.