Esattamente cosa devi fare?
Gestire un database MySql? Se devi solo gestirlo e tirare fuori qualche dato ogni tanto, modificare qualche indice o verificare l'efficacia di una query, quindi se NON devi elaborare i dati in modo specifico, usa PhpMyAdmin...
Se invece devi elaborarli perchè il db serve alla tua applicazione, allora lì dipende dalle tua conoscenze dei linguaggi di programmazione