In teoria nulla,
a meno che tu abbia necessità di essere pubblicamente visibile con un dominio o più domini.
Se lavori solo in locale (es per sviluppo) può anche andare bene usare le dir utente. L'unico "svantaggio" è un po' di confusione coi permessi.
Se invece vuoi/dovrai usare domini raggiungibili esternamente, è ALTAMENTE consigliato usare la default /var/www/ in cui dovrai creare i vari domini e la relativa struttura di default.
Questo perchè generalmente la home è accessibile ALMENO dal gruppo generico degli utenti (users), quindi tutti gli utenti POSSONO accedere almeno in lettura a tutte le dir e sottodir di tutti gli utenti. La /var/www invece, solitamente e tranne configurazioni molto particolari, è accessibile solamente all'utente apache e al gruppo apache (oppure www e www dipende dal sistema operativo e da altri fattori tipo la versione del web server).
La struttura di default è solitamente questa:
/var/www/dominio.com/
/var/www/dominio.com/web/
/var/www/dominio.com/cgi-bin/
/var/www/dominio.com/tmp/
/var/www/dominio.com/ssl/

Se usi domini con la /var/www, dovrai disabilitare la "public_html" e usare i virtualhosts