l'unica soluzione e' attingere ad uno javascript
Attualmente, nel tuo specifico caso e per le caratteristiche che richiedi, il solo CSS non consente di risolvere le problematiche da te riscontrate.

In particolare la questione relativa alla sovrapposizione del tooltip rispetto a tutti gli elementi della pagina, e la "correzione" della posizione quando il tooltip esce dall'area visibile.

in termini di risultati credi si possano ottenere risultati soddisfacenti rispetto a quello che e' il tooltip attuale?
Con JavaScript puoi risolvere quelle problematiche.

Magari fai qualche ricerca del tipo "tooltip javascript", troverai moltissime soluzioni. Assicurati solo che soddisfino quelle caratteristiche.