Aggiornare un campo aprendo un link ad un sito web

[Alhazred]

Potrei quindi far eseguire al click uno scrip php che con una query aggiorna il campo di un determinato ID con il valore che mi serve.

Sì e alla fine un comando header('Location....') che reindirizzi sul link voluto.
Bada bene che la funzione header funziona solo se prima non ci sono output tipo echo.

L'alternativa più complessa, ma migliore dal punto di vista dell'utente, sarebbe intercettare il click sul link tramite JS, chiamare con AJAX una funzione sul server che faccia l'update e al ritorno faccia partire il link. In questo modo per l'utente è tutto trasparente e non vede nulla se non l'apertura del link voluto.