Credo tu non abbia capito la differenza tra frontend e backend.

JS è frontend, eseguito nel browser dell'utente.
PHP è backend, eseguito sul server.

Per fare quello che vuoi tu puoi usare location.href per reindirizzare l'utente verso lo script PHP che salva il dato in sessione.

Il dato lo passi tramite querystring e in PHP lo leggi tramite $_GET.

Questa è la versione più semplice, senza scomodare chiamate AJAX etc.