ma dove vedi quel padding-top?
Nell markup HTML
Ispeziona elemento
padding-top.jpg

Suppongo che il valore sia calcolato secondo chissā quale criterio, e potrebbe variare magari da dispositivo a dispositivo.
Ad ogni modo l'effetto caduta č dato proprio da quella proprietā che viene applicata via JavaScript.

Se lo cambio come dici, mi aumenta semplicemente la distanza dal top, e l'effetto a caduta c'č sempre (anche perchč conflitta con il mio margin-top negativo).
Se inserisci la regola nel CSS (non nel codice HTML) con la clausola !important non dovresti vedere l'effetto a caduta perché il CSS viene applicato istantaneamente quando l'elemento appare sulla pagina, a differenza del JavaScript che viene eseguito solo dopo che l'elemento č disponibile sulla pagina.