Avevo capito il contrario ...che RSA e AES fossero non conosciuti (ma rileggendo ora ho capito il senso!)

Comunque
Usare gli algoritmi conosciuti da questi vantaggi:
-Utilizzi implementazioni degli algoritmi testate e quindi "sicure".
-Hai già a disposizione il codice ed è più facile dividersi lo sviluppo.

Con un algoritmo non pubblico difficilmente avrai la sicurezza che non ci sia un bug che rende tutto disponibile al mondo.

Poi su quale usare tutto dipende da cosa devi difendere.
Anche il più "sicuro" degli algoritmi con un computer di 10 anni nel futuro probabilmente riuscirei a decriptarlo in qualche giorno.
Quindi se devo cifrare le mie password(e non posso usare un hash) posso usare un algoritmo che "ralllenti" un eventuale hacker che ne viene in possesso.
Se invece devo cifrare dei documenti importanti è meglio usare un algoritmo più forte e ruotare le password ogni tot mesi