Sì. log4j2 ricerca diversi tipi di file, la logica e la sequenza di ricerca è descritta qui:
https://logging.apache.org/log4j/2.x...cConfiguration
I file vengono cercati alla "radice in classpath", che per progetti Maven/Gradle vuol dire appunto direttamente sotto src/main/resources/qui
(o se si tratta di logging nel testing: src/test/resources )