Non c'entra, può essere Spring "puro" o Spring Boot, non c'è differenza a livello dei controller. Ma i controller Spring li puoi scrivere per gestire pagine web o web service (es. stile REST), e ovviamente sono scenari diversi e si usano approcci diversi.
A prima vista non c'entrerebbe niente ..... non è che hai scritto cose tipo Module invece di Model ?? Ovviamente Module NON è quello che ti serve.