Ok, se ho capito bene vuoi rimuovere i file sotto META-INF relativi alla signature.
Quindi puoi utilizzare il DontIncludeResourceTransformer.
Non ho modo di provare ma dovrebbe bastare aggiungere questo <transformer> (in <transformers>, chiaramente):
codice:<transformer implementation="org.apache.maven.plugins.shade.resource.DontIncludeResourceTransformer"> <resource>META-INF/*.SF</resource> <resource>META-INF/*.RSA</resource> <resource>META-INF/*.DSA</resource> </transformer>