Potresti usare PhpSpreadsheet per leggere i file xlsx, poi la parte di salvataggio su db resterà come la fai per gli altri formati.
Io ho necessità di leggere i file xlsx, ma non sono riuscito a capire come installare PhpSpreadsheet.
Attualmente utilizzo "Excel/reader.php" (non so di preciso come si chiami la libreria), ma purtroppo legge solo i file xls.