Se ho ben capito, devi semplicemente togliere gli htaccess o comunque la parte che hai indicato e mettere, nella configurazione di apache del virtualhost, qualcosa tipo
codice:
<Directory "/docroot/cartella_chiavi">
     Require local
</Directory>
<Directory "/docroot/cartella_controlli">
     Require local
</Directory>
<Directory "/docroot/cartella_eseguibili">
     Require local
</Directory>
In questo modo l'accesso alla cartella può avvenire solo da un ip locale (cioè dal webserver, in pratica)