Il pannello di controllo non ha implicazioni sulle funzioni del sito/email/ecc, semplicemente avrai le stesse funzioni in posti diversi, gestite in modo diverso.
Per esempio da una parte la configurazione della versione Php di default (per il tuo spazio web) la trovi sotto "impostazioni", dall'altra invece magari la trovi sotto "siti"
Uno può essere più completo e uno meno, a livello di configurabilità, o più semplice e più difficile, ma sempre quello devono fare.

In IspConfig invece ce l'hai nella sezione "servizi server" se ben ricordo ... :-)