Bene.
Secondo me l'unica è usare un AD/DC, cioè un Dominio (con winserver o con Samba, a te la scelta), e implementare anche una robusta politica di backup e firewalling, compreso antivirus.
La mera "protezione del pc" può non essere sufficiente trattandosi di una azienda. L'uso di un Dominio invece garantisce alcune possibilità aggiuntive come per esempio i "profili in roaming", tramite la quale puoi impostare struttura e posizione di ogni singola cartella utente, comprese le cartelle di sistema (eccetto tutta la radice Windows, ovviamente), così da tenere separati i vari utenti ma al costo di avere duplicazioni e spazio di archiviazione maggiore.
Altre soluzioni, trattandosi di azienda, non ne vedo sia per i limiti detti precedentemente sia perchè appunto si tratta di azienda e quindi "molti pc"