Lo scenario descritto non è troppo chiaro.

Due punti in particolare:

1) Non è chiaro se il tuo documento HTML, dove hai il form, sia creato in modo dinamico attraverso PHP oppure sia un file con estensione .html (quindi HTML statico).

Di base, per poter "passare" delle variabili da PHP ad HTML è infatti necessario che il file stesso abbia estensione .php.
Qual è la tua situazione?

2) Trovo confusa la gestione dei dati. Riguardo i checkbox, non mi è chiaro il criterio che stai usando per determinarne lo stato (selezionato o non selezionato) attraverso quelle variabili.

Nello specifico, per la prima variabile hai usato un solo valore "Example 1" per stabilire che il checkbox sia selezionato; bisogna poi capire che valore ci si debba aspettare nel caso in cui il checkbox debba essere impostato come non selezionato.
Per la seconda variabile invece hai usato i due valori "ON" e "OFF" ad indicare rispettivamente lo stato selezionato e non selezionato di quel checkbox.

Stai quindi usando due differenti approcci per poter ottenere un risultato comunque analogo su entrambe i casi.
Dal momento che serve giusto sapere se far risultare selezionato o meno ciascun checkbox, non sarebbe meglio uniformare il tutto usando due valori convenzionali (ad esempio "1" e "0") per ciascuna variabile?

Mi sfugge qualcosa?
Nel caso, sarebbero opportuni dei chiarimenti.

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Supponiamo che il form sia creato attraverso PHP, avendo quindi un file con estensione .php, e che siano usate delle variabili con valori "1" o "0" per determinare lo stato di ciascuno dei checkbox.

Nella costruzione del form potrai usare quelle variabili per impostare opportunamente il codice HTML in uscita.

Per rendere selezionato un checkbox, non dovrai fare altro che specificare l'attributo checked direttamente nel tag <input>.

Puoi quindi applicare questo attributo usando delle condizioni PHP.

Qui un esempio minimo in base a quanto indicato:

Codice PHP:
<?php
/* ...
   Qui ci sarà la parte dove recuperi i valori e ottieni le due variabili
   ...
*/
  $fixed_text_1 = "1"; // "1" o "0"
  $checkbox1 = "1"; // "1" o "0"
?>
<!DOCTYPE HTML>
<html lang="it">
  <head>
    <title>Esempio</title>
  </head>
  <body>
    <form>
      <input type="checkbox" name="fixed_text_1" value="Example 1" <?php if($fixed_text_1 == "1") echo "checked"; ?>> Example 1
      <label class="toggle">
        <input type="checkbox" name="checkbox1" <?php if($checkbox1 == "1") echo "checked"; ?>>
        <span class="labels" data-on="ON" data-off="OFF"></span>
      </label>
      <input class="favorite styled" type="submit" name="confirm" value="Enter data">
    </form>
  </body>
</html>

Chiaramente la questione può essere risolta in tanti altri modi.