Direi che conviene che posti un po' di codice perchè non si capisce bene su cosa vengano costruiti questi oggetti Scanner.
Se si tratta di Scanner costruiti sull'oggetto System.in allora sappi che non dovrebbe esserne costruito più di 1 per ogni APPLICAZIONE ed in ogni caso, quell'oggetto non andrebbe chiuso con la close() se non alla fine (ma si può anche evitarne la chiusura perchè l'oggetto System.in è dispositivo di input gestito dal sistema operativo).