Hai perfettamente ragione , sono io che sbaglio che mi viene naturale mettere nella select i valori delle join , mentre nelle select va messo solamente quello che vuoi ottenere :
In questo modo ho cliente ->numero macchinecodice:SELECT `clienti`.`nome` as `nome_clienti`, count(ingresso_temp.id_macchina) as numero_macchine FROM `ingresso_temp` JOIN `macchina` ON `macchina`.`id`=`ingresso_temp`.`id_macchina` JOIN `clienti` ON `macchina`.`id_clienti`=`clienti`.`id` WHERE `ingresso_temp`.`macchina_presente` = 1 AND `ingresso_temp`.`deleted_at` IS NULL GROUP BY `macchina`.`id_clienti`