Ciao, ho risolto così. Scusate se ho aperto la discussione inutilmente, ma ero a casa da solo con mio figlio piccolo ed è stato devastante.
Per ogni riga della fattura ho fatto un if in questo modo

codice:
if($extra7_quantita > 0){
$righe_fattura[] = newIssuedDocumentItemsListItem(
array(
"name" => "Birra bionda Valcanale",
"net_price" => 5, // $extra7_importo,
"qty" => 0,// $extra7_quantita,
"vat" => newVatType(
array(
"id" => 6654120
                                )
                            )
                        )
                    );
                }
Poi ho passato l'array in pasto alla funzione setItemsList. Nell'array sono così "finiti" solo gli elementi la cui quantità è > zero.

codice:
$invoice->setItemsList($righe_fattura);