Ciao, a parte l'uso di programmi di terze parti (che magari può essere una scelta azzeccata) come propone Vincent.Zeno, un'alternativa potrebbe essere lo strumento "Raccolte" di windows, integrato sul sistema da win7 in poi.
Giusto una premessa, da quel che ho provato noto che ha qualche limitazione riguardo le funzionalità ma potrebbe andare bene se ne fai un uso saltuario

Puoi creare una nuova raccolta (o più raccolte) dove includerci le cartelle interessate. A quel punto, visualizzando tale raccolta, troverai la lista di tutti i file, raggruppati secondo le loro relative cartelle di origine ma disponibili sotto una stessa raccolta.
Da questa finestra, premendo CTRL+A, potrai quindi selezionare tutto il contenuto di una raccolta (quindi tutti quei file e sottocartelle che fisicamente stanno dentro le cartelle di origine, incluse nella raccolta) e fare copia-incolla direttamente dove ti pare.

Piccola limitazione, da quel che ho provato, saranno copiaincollati solo i contenuti delle cartelle incluse nella raccolta (non le cartelle stesse). Cioè, tutti i file e sottocartelle che hai dentro le cartelle (Eros Ramazzotti - Vasco Rossi - Ligabue - ecc...) incluse nella raccolta, saranno incollati assieme, dentro un'unica cartella di destinazione.

Se per te può andare bene puoi fare così:

- per visualizzare le raccolte apri una finestra Esplora file di windows.
- se nella fascia sinistra della finestra non compare la voce Raccolte, vai alla scheda Visualizza
- clicca Riquadro di spostamento per aprire il relativo menu a discesa
- seleziona la voce Mostra raccolte
- ora nella fascia sinistra vedrai comparire la voce espandibile Raccolte
- clic sulla voce Raccolte per espanderla, dovresti avere già delle raccolte di default ("Documenti", "Immagini", "Musica", "Video") ma puoi crearne altre personalizzate
- clic destro sulla voce Raccolte quindi seleziona "Nuovo > Raccolta" per creare una nuova raccolta
- puoi rinominarla

La raccolta ora è creata ed è vuota. Considera che potrai includere i contenuti in modi diversi ma (altra limitazione) sempre includendo delle cartelle ad una ad una.
Se fai clic sulla raccolta appena creata, nell'area dei contenuti ti dice "In questa raccolta non sono incluse cartelle" e ti permette di includere una cartella. Puoi aggiungere e rimuovere le cartelle anche attraverso la scheda "Gestisci > Strumenti raccolte > Gestisci raccolta" presente in alto nella finestra stessa.

Infine puoi fare clic destro direttamente su una specifica cartella (da Esplora file o nel desktop) e, attraverso il menu contestuale, spostarsi su "Includi nella raccolta" e selezionare la raccolta desiderata tra quelle che verranno elencate (ad es. quella appena creata).

Come già indicato, è possibile includere le cartelle ad una ad una, cioè non è possibile fare una selezione multipla di più cartella per poi includerle tutte assieme in una raccolta, la voce "Includi nella raccolta" non sarà disponibile in questo caso. Certo, se devi fare questo passaggio 120 volte è una rogna ma lo fai giusto una prima volta poi la raccolta resta salvata sul tuo sistema.

Fai magari qualche prova e vedi se può andare