aggiungo al suggerimento di SoloWiFi

dopo aver copiato, vai sulla chiavetta e digita
codice:
DIR *.* /AD /B >copia.bat
così ti crea un .bat con dento i nomi di tutte le cartelle

poi editi il bat con un qualunque editor e *prima* del nome cartella metti COPY e *dopo* il nome della cartella metti la lettera di drive della chiavetta, quindi avrai qualcosa del tipo
codice:
COPY LIGABUE K:
per ogni riga

qusto batch poi lo salvi nella cartella del disco rigido da dove parti