Fossi in te, farei il controllo prima di eseguire il download.E vedrai che i tuo problema verrà risolto.
Ti dó la dritta ma non la soluzione.
Codice PHP:
$result = fieldsCompareCsvToTable…
if($result ==1){
handle_file_upload…
} else {
A seconda del valore di $result (2, 3, quello che vuoi)
}