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Il problema e che se l'elemento ha la classe va tutto bene, se invece gli tolgo la classe non mi fa la condizione alternativa "else fai quest'altro"
Impossibile, matematicamente.

Posta tutto il codice rilevante, senza modifiche, perché o c'è un errore di sintassi, o il codice viene eseguito ma non produce gli effetti che ti aspetti.

Se hai una condizione if() e la condizione è falsa, ed esiste un else, quello viene eseguito, forzatamente.