Ti ripeto una cosa importante che forse hai mancato:
Salvando il cookie semplicemente come
codice:
document.cookie = cb.value + "=OK";
ad ogni click su un checkbox andrai a sovrascrivere il cookie, che quindi conterrà sempre e solo l'informazione dell'ultimo checkbox con cui hai interagito.
Se leggi il post che ti ho scritto prima trovi anche un modo per ovviare, l'array JSON.
Ricorda anche di impostare una data di scadenza per il cookie, oppure verrà cancellato alla chiusura del browser. Leggi il link che ti ho indicato in precedenza.

Comunque, visto che hai scelto la strada JS per i cookie, se ti serve aiuto sulla loro gestione, apri un nuovo post nella sezione JS.