Ciao, fai attenzione la variabile CodiceFiscale fa riferimento all'elemento HTML che è un elemento input (rilevato tramite getElementById), NON fa riferimento al valore (proprietà value) di quell'elemento.
Se vuoi modificarne il suo valore devi infatti fare riferimento alla sua proprietà value, non all'elemento stesso.

codice:
CodiceFiscale.value = CodiceFiscale.value.replace(" ", "");