codice:
foreach(DataGridItem dgi in MyDataGrid.Items)
{
 // x corrisponde alla colonna dove risiede la checkbox da controllare
 // la numerazione parte da 0
 CheckBox c= (CheckBox)dgi.Cells[x].Controls[1];
 if(c.Checked==true) 
  {
   // dove risiede l'identificativo a te necessario
   string id = ((CheckBox)dgi.Cells[y].Controls[1]).ID;
   arrIDTrue.Add(id);
  }
}
Al posto della x dovrai mettere il numero corrispondente alla "Colonna" dove risiede la checkBox che vuoi controllare.
Esempio:
ID | Nome | Cognome | NewsLetter
-----------------------------
0 | Simone | Severa | true
1 | Pippo | Pluto | false

NewsLetter sarà la colonna con la nostra checkbox.
A questo punto, il nostro codice riadattato sarà il serguente:

codice:
foreach(DataGridItem dgi in MyDataGrid.Items)
{
 CheckBox c = (CheckBox)dgi.Cells[2].Controls[1];
 if(c.Checked==true) 
  {
   string id = dgi.Cells[0].Text;
   arrIDTrue.Add(id);
  }
}