Salve, la questione è che dire solo "web application" è un po' vago e ci sono svariate cose da valutare/chiarire.
Innanzitutto: la parte server dovrà esporre solo dati puri (in un qualunque formato strutturato: JSON, XML ....) oppure pagine web complete (HTML + CSS e/o Javascript eventuale)?
Inoltre cosa intenderesti usare come framework lato server? La base per lo sviluppo web in ambito Java è il Java Enterprise (che ad oggi si chiama Jakarta EE poiché passato da tempo alla Eclipse Foundation). Altrimenti altri framework di più "alto" livello: Spring, Spring Boot, Micronaut, Helidon, Quarkus, ecc... E nessuno di questi, purtroppo, è "banale" o immediato da usare.
Poi essendo una web application, potrebbero esserci (potenzialmente) richieste "concorrenti" (dipende da chi/come/quanto poi la si userà), quindi se devi gestire strutture dati accessibili concorrentemente, devi anche avere nozioni su multi-threading, concorrenza, sincronizzazione tra thread in Java. Quante nozioni hai su questi argomenti?
E infine, anche se usi Eclipse, dovresti saper usare Maven o Gradle. Ad essere onesti, se usi solo il Jakarta EE puro e basta (nient'altra libreria/framework), in realtà un build tool come Maven/Gradle non è strettamente necessario. Ma se usassi uno qualunque degli altri framework citati, sì è fondamentale usare Maven o Gradle.