A parte che non ho mai usato Date() per questo scopo,
e a parte che c'e` un piccolo errore (mi sono dimenticato un new) che pero` non dovrebbe pregiudicare:
var inizio = new Date();
Non dovrebbero esserci altri errori.

Prova eventualmente a trasformare in intero:
var durata1 = fine-inizio;
var durata = parseInt(durata1);

Si potrebbe anche pensare di trasformare in numero i singoli inizio e fine, ma non ci starebbero in un intero, e con un float ci sarebbe troppo poca precisione.

Spero che cosi` funzioni, altrimenti e` necessario usare funzioni differenti, che io non ho mai usato.

Ciao
Michele