Ti sei spiegato benissimo... vuoi scrivere un'emulatore di consolle dos in java.
Per farlo o fai come hai detto tu, oppure implementi in java i comandi del dos. Nel caso del comando dir, ad esempio, crei un file basato sulla directory corrente, da esso estrai tutti i file interni e li visualizzi nella tua consolle.
E cosi' via per tutti i comandi che vuoi implementare, con eventuali migliorie da te introdotte...