Potrebbe essere causato da qualche "INFORMAZIONE" inerente la precedente installazione di VS6 (presente in qualche file di sistema)
che durante la DISINSTALLAZIONE non è stata CANCELLATA!!!

Quel tipo di errore non l'ho mai riscontrato durante
le numerose installazioni di VS6 sul mio PC.

Che EDIZIONE di visual studio 6.0 stai installando?

P.s. io personalmente tempo fa ho avuto dei problemi
ad nell'installare VS 6.0 Enterprise su windows ME e XP

Ora ho installati sul mio pc sia VS6.0 enterprise che
VS.NET enterprise architect e "convivono" benissimo

Se non risolvi!!! non ti resta che reinstallare WINDOWS
ma aspetta prima di farlo, magari qualcuno del forum
conosce quel tipo di errore.