potresti fare così

una Hashtable contiene come chiave la stringa del path e come oggetto un array di File
una Hashtable contiene come chiave il nome host e come oggetto un array di File che corrispondono alle directory

Hashtable dirs = new Hashtable();
Hashtable hosts = new Hashtable();
hosts.put("nome", arrayDir);
for (int i=0; i<arrayDir.length; i++)
dirs.put(arrayDir[i].getAbsolutePath(), arrayDir[i].listFiles());