Si, si puo' fare,
devi pensare che quando inserisci il riferimento al file esterno è come se tu a mano incollassi, nel momento in cui la pagina viene richiamata dal browser, il codice che è contenuto nel file .js nel punto in cui lo richiami. (..cioè, alla fine praticamente avviene proprio questo).

Quindi, crei un ".js" dove incolli dentro il codice comune a tutte le pagine e lo richiami con l'istruz. che ti ho dato prima. poi sotto ma sempre tra i tag:

<head>
<script> .... </script>
</head>

metti il codice che deve varire in ogni pagina.

Spero di essere stato chiaro.
Ciao.