Il file /etc/profile serve per impostare le variabili d'ambiente di tutti gli utenti, e quindi sarebbe meglio non toccarlo, io mi riferisco al file di configurazione singolo per l'utente.
Si trova in /home/nome_utente e si chiama .bash_profile
Dovrebbe esserci una riga in cui si imposta la PATH, tu aggiungi i due punti e poi la riga in cui hai messo gli eseguibili java, che sara' del tipo /usr/java/j2sdk1.X.X/bin occhio e croce.
dovrebbe uscire una cosa simile:

PATH=$PATH:$HOME/bin:/usr/java/j2sdk1.X.X/bin
export PATH

Per il CLASSPATH non so perche' non l'ho mai impostato, eventualmente prova a vedere la documentazione specifica sulle variabili d'ambiente o su .bash_profile