ciao
con l'estensione PNG non si può, però lo puoi fare con il formato PSD di Photoshop.

Per esempio mettiamo il caso che tu realizzi un file con due livelli in fireworks. Per mantenere i livelli in Photoshop seleziona "File>Esporta" e dal menu a scorrimento "Salva", seleziona la voce "Photoshop PSD" (l'ultima dell'elenco).

Poi una volta salvato in formato di Photoshop, quando lo aprirai con Photoshop i livelli saranno ancora distinti

ciao ciao