puoi utilizzare un BufferedWriter:
codice:
// per scrivere
BufferedWriter bw = new BufferedWriter(new FileWriter("nuovofile.txt"));
// per leggere
BufferedReader br = new BufferedReader(new FileReader("file.txt"));
String s = br.readLine();
// leggo una riga alla volta
while(s!=null){
    // tue operazioni
    bw.write("output");
    // si va a capo
    bw.newLine();
}
in questo caso hai letto un file e creato un nuovo file, modificato dal primo
a questo punto non ti resta che eliminare il vecchio file e rinominare il nuovo col vecchio nome