Apri uno STREAM a quel File e poi guarda la funzione append() o qualocosa del genere della Classe File del package java.io
Cosa significa?!? Non e' mica C++!!!

Crea un oggetto FileWriter, al costruttore passi il file che vuoi aprire (oppure una stringa che ne identifichi il percorso) e una varibile impostata a true che specifica la modalita' append
Es:
codice:
File myFile = new File("prova.txt");
FileWriter fw = new FileWriter(myFile, true);
Cosi' puoi utilizzare fw per scrivere, a partire dalla fine del file.