Se stai programmando sotto windows, il ritorno a capo e' dato dall'insieme dei due caratteri \r\n (non so se sia importante l'ordine). Il carattere di fine riga dipende dalla piattaforma, per evitare di perderci del tempo, ti consiglierei di usare un PrintWriter, che fa la stampa formattata di quello che ti serve. Es:
codice:
FileWriter fw = new FileWriter("prova.txt", ture);
PrintWriter out = new PrintWriter(fw, true);

fw.println("Ciao");
fw.println("Seconda riga");
Nel costruttore PrintWriter, ture sta ad indicare l'autoflush, cioe' non c'e' bisogno di chiamare flush() ogni volta che vuoi scrivere, lo fa automaticamente.