Perchè non usi il RANDOM ACCESS FILE??
Ti permette di leggere un determinato pezzo di un file e di memorizzartelo in un array di byte e poi di scrivere un determinato array di byte in un determinato pezzo del file .
I metodi sono :

read(byte[] b, int off, int len) ;
write(byte[] b, int off, int len) ;

dove nel metodo read byte[] b è l'array che devi passare e che sarà rimepito con i byte corrispondenti, off è da dove vuoi cominciare a leggere/scrivere e len è quanti byte vuoi leggere.
CIauz