Nella popup hai un form che invia i dati al programma sul server (che li modifica nel database); tale form invia alla popup una pagina di risposta.

Ora la tua richiesta e` di modificare la tabella sulla pag madre DOPO il buon esito della modifica sul DB.

Quindi la modifica la devi fare con uno script della popup, ma NELLA PAGINA DI RISPOSTA.

In pratica la pagina di risposta deve contenere uno script di questo tipo:
<script ...>
window.opener.document.NOMEFORM.NOMECAMPO.value = "valore_da_inserire";
...
</script>

E` sottinteso che nella pag. madre i dati da modificare devono essere in un campo di tipo input (eventualmente non modificabile dall'utente)

Spero di essere riuscito a farmi capire.

Ciao
Michele