Vorrei realizzare un sito totalmente in flash 5
Data questa premessa, l'opzione 1) è da scartare.
L'opzione 2) va bene solo nel caso in cui il tuo filmato .swf sia molto compatto e leggero .
L'opzione 3) è sicuramente la migliore ed anche la + duttile.
Dovrai quindi fare un movie "principale" che contiene dei pulsanti con i quali richiamare i vari moduli (file .swf "esterni").
Per richiamare questi ultimi il comando da usare é loadMovie oppure loadMovieNum.
Quale delle due tecniche è la migliore? Dipende...
In proposito leggiti questo articolo:
http://flash-mx.html.it/articoli/vie...?idarticolo=12

Su come sviluppare un intero sito con Flash leggiti questa guida di Negatyve:
http://flash-mx.html.it/guide/lista_....asp?idguida=6

Buon lavoro!