Beh, in realtà non è proprio del tutto impossibile...
Dovresti fare un programma (in C++, VB o quello che + ti piace) che venga richiamato dall'swf che hai sul server e che scriva il file .swf.
Il .swf è un formato pubblico, quindi non ci sono grossi problemi per scriverlo, tanto più che dovresti solo modificare parte di un file template.
Questa, ovviamente, è solo teoria! Comunque se hai un po' di basi di programmazione non dovrebbe essere impossibile...
nICO