Non ho capito molto bene... vuoi realizzare una specie di telnet? il client digita i comandi da remoto e il server li esegue sulla macchina su cui gira?

Se lavori in Java, supponendo che il quanto inviato dal client sia contenuto nella stringa s :

try {
Process p = Runtime.getRuntime.exec(s);
p.waitFor();
}catch(Exception e) {}

ma non penso che Java sia il linguaggio migliore per questo tipo di lavoro...