Quindi secondo te ci deve essere un problema da qualche altra parte nel codice?
Eppure non credo, ho messo una riga per visualizzare l'indice selezionato e l'errore è proprio lì; il jList.getSelectedIndex() dopo che ho cancellato una riga e quando ne seleziono un'altra mi restituisce il valore come le il vecchio elemento fosse ancora lì!