La cosa più probabile è che tu non inserisca il percorso completo del comando che devi eseguire; per esempio, se devi eseguire BCC.EXE e questo programma si trova nella cartella c:\Programmi\BorlandC++ , allora dove la tua documentazione ti dice di eseguire

BCC varii parametri

tu dovrai invece scrivere:

c:\Programmi\BorlandC++\BCC varii parametri

Tutto chiaro?