Avevo capito un'altra cosa. In quel caso solo con javascript mi pare difficile, dato che funziona lato client: dovresti scrivere delle informazioni con un linguaggio server side dal lato del docente quanto modifichi il filmato, e caricarle periodicamente dal lato dell'utente per l'aggiornamento del filmato.
Altrimenti puoi usare Java e XMl socket: http://www.moock.org/unity/

Un'altr soluzione, con FlashMX: http://www.macromedia.com/software/flashcom/