Ciao,
anch'io sto affrontando la stessa cosa. Setto il database con percorso assoluto nel Web.config e funziona tutto.

es.

<appSettings>
<add key="ConnString" value="Provider=Microsoft.Jet.OLEDB.4.0;Data Source=E:\Inetpub\wwwroot\1stGuestbook\DB\database .mdb" />
</appSettings>

Il fatto è che quando si metteno i file on-line chiaramente il percorso cambia. Che ci devo mettere??? perchè se metto l'indirizzo del sito non va, e nemmeno specificando solo la sottodirectory.

Come si deve fare????