Controlla bene:

1) che la tua GIF sia veramente trasparente;

2) che le impostazioni di importazione della GIF stessa
(dalla libreria fai click destro sull'immagine importata e seleziona proprietà) siano corrette;

3) se proprio non riesci a risolvere con le proposte 1 e 2
puoi sempre provare a "ritagliare" l'immagine con lo strumento "lasso" (poi come opzione seleziona "magic wand" bacchetta magica)
Per poter utilizzare lo strumento di cui sopra devi "editare" l'immagine e fare Ctrl+B (break apart)