Dico quello che mi viene in mente così "al volo", poi bisognerà provarlo...
Allora:

1) Mettiamo che hai 3 pulsanti (sul movie principale), ognuno dei quali controlla un filmato secondario.
2) E' in esecuzione il filmato 2
3) Viene premuto il pulsante 1
4) Il filmato 2 deve chiudersi, ma non bruscamente, bensì facendo una piccola animazione di "chiusura".
5) Poi, naturalmente si avvierà il filmato n.1

Allora, direi che ti serve una variabile (sulla _root) che potremmo chiamare mc_corrente dove memorizzare il numero del filmato secondario attualmente attivo (oppure il nome, concettualmente fa lo stesso).

Quando si preme uno qualsiasi dei pulsanti bisognerà fare questi "test":

1) Il pulsante premuto è uguale a mc_corrente?
2) se SI' non si fa nulla, perché significa che si è premuto il tasto corrispondente al filmato che è attualmente in riproduzione.
3) se NO allora occorre:
a) mandare il filmato secondario alla fase di "chiusura"
b) memorizzare in mc_corrente il nuovo identificativo del filmato richiesto
c) caricare detto filmato

Il tutto potrebbe essere fatto con una function in maniera tale che il codice lo scrivi una volta sola e andrà bene per tutti i tuoi pulsanti.

Spero di esser stato chiaro,